Ocorrência de indicações farmacológicas não recomendadas por estágios na endometriose e impacto no quadro de ansiedade por persistência de sintomas / Occurrence of pharmacological indications not recommended by stages in endometriosis and impact on anxiety due to persistence of symptoms / Presencia de indicaciones farmacológicas no recomendadas por etapas en la endometriosis e impacto en la ansiedad por la persistencia de los síntomas

Introdução: Endometriose é uma patologia pélvica crônica de caráter inflamatório e estrogênio-dependente. Manifesta-se em quatro tipos de estágio (EI, EII, EIII e EIV), caracterizados pelos números de lesões. Tem indicações farmacológicas recomendadas se baseadas nos estágios, sendo EI/EII sintomático com AINES e/ou uso de anticonceptivos de uso contínuo; e EIII/EIV com fármacos análogos de GnRH. O estilo de vida dessas mulheres é impactado pela dor, que altera a rotina e vida afetivo/sexual contribuindo para quadros de ansiedade. O presente estudo se norteia pela questão "qual impacto na ansiedade de mulheres com endometriose, quando não ocorrem indicações farmacológicas recomendadas para os estágios que se encontra? Logo, o objetivo deste estudo é avaliar os efeitos do tratamento medicamentoso não recomendado e risco de ansiedade. Metodologia: Levantamento de pacientes com diagnóstico de Endometriose, cadastradas no Banco de Dados do Projeto agrupadas em estágios de tratamentos farmacológicos similares (EI/EII e EIII/EIV). O relato de ansiedade, com diagnóstico médico e pós endometriose foi a variável dependente em estudo. As variáveis independentes (ou influenciadoras) foram [1] Estágio da doença, [2] Farmacoterapia recomendada (FR) ou não (FNR) e [3] esquema medicamentoso empregado (classes e combinações). Estatística feitas por chi quadrado e Fischer. Resultados: Do total de 375 mulheres, 274 apresentavam ansiedade. Destas, 170 estavam no grupo IFR; sendo 141 no agrupamento EI/EII, e 29 mulheres no EIII/EIV. No que se refere ao grupo IFNR, teve se um n=104 mulheres, sendo apenas 1 nos EI/EII e 103 nos EIII/EIV. Os casos de FNR estão mais presentes em EIII/EIV, com 90% dos casos (IC 95%, p<0,05). O esquema terapêutico mais presente foi AINEs em monoterapia, sendo 65% (IC 95%, p<0,05) em Estágio inadequado. Notou-se uma correlação positiva entre FNR e quadros de ansiedade, principalmente quando se empregava a monoterapia com AINEs (IC 95%, p<0,05). Conclusão: Dificuldades de acesso a especialistas para diagnóstico e aos medicamentos do EIII/EIV podem ser as causas, que serão investigadas em estudos futuros.

Introduction: Endometriosis is a chronic pelvic pathology with an inflammatory and estrogen-dependent nature. It manifests itself in four types of stages (EI, EII, EIII and EIV), characterized by the number of lesions. It has recommended pharmacological indications based on the stages, being symptomatic EI/EII with NSAIDs and/or use of continuous contraceptives; and EIII/EIV with GnRH analogue drugs. The lifestyle of these women is impacted by pain, which alters their routine and emotional/sexual life, contributing to anxiety. The present study is guided by the question "what impact on the anxiety of women with endometriosis, when there are no recommended pharmacological indications for the stage they are in?" Therefore, the objective of this study is to evaluate the effects of non-recommended drug treatment and the risk of anxiety. Methodology: Survey of patients diagnosed with Endometriosis, registered in the Project Database grouped into stages of similar pharmacological treatments (EI/EII and EIII/EIV). The report of anxiety, with medical diagnosis and post-endometriosis was the dependent variable under study. The independent (or influencing) variables were [1] Stage of the disease, [2] Pharmacotherapy recommended (FR) or not (FNR) and [3] medication regimen used (classes and combinations). Statistics made by chi square and Fischer. Results: Of the total of 375 women, 274 had anxiety. Of these, 170 were in the IFR group; 141 in the EI/EII group, and 29 women in the EIII/EIV group. Regarding the IFNR group, there were n=104 women, with only 1 in EI/EII and 103 in EIII/EIV. FNR cases are more present in EIII/EIV, with 90% of cases (95% CI, p<0.05). The most common therapeutic regimen was NSAIDs as monotherapy, with 65% (95% CI, p<0.05) in an inadequate stage. A positive correlation was noted between FNR and anxiety, especially when using monotherapy with NSAIDs (95% CI, p<0.05). Conclusion: Difficulties in accessing specialists for diagnosis and EIII/EIV medications may be the causes, which will be investigated in future studies.

Introducción: La endometriosis es una patología pélvica crónica de naturaleza inflamatoria y estrógeno-dependiente. Se manifiesta en cuatro tipos de estadios (EI, EII, EIII y EIV), caracterizados por el número de lesiones. Tiene indicaciones farmacológicas recomendadas según los estadios, siendo EI/EII sintomática con AINE y/o uso de anticonceptivos continuos; y EIII/EIV con fármacos análogos de GnRH. El estilo de vida de estas mujeres se ve impactado por el dolor, lo que altera su rutina y su vida emocional/sexual, contribuyendo a la ansiedad. El presente estudio se guía por la pregunta "¿qué impacto tiene en la ansiedad de las mujeres con endometriosis, cuando no existen indicaciones farmacológicas recomendadas para las etapas en las que se encuentra? Por tanto, el objetivo de este estudio es evaluar los efectos del tratamiento farmacológico no recomendado y el riesgo de ansiedad. Metodología: Encuesta a pacientes diagnosticadas de Endometriosis, registradas en la Base de Datos del Proyecto agrupadas en etapas de tratamientos farmacológicos similares (EI/EII y EIII/EIV). El reporte de ansiedad, con diagnóstico médico y post-endometriosis fue la variable dependiente en estudio. Las variables independientes (o influyentes) fueron [1] Estadio de la enfermedad, [2] Farmacoterapia recomendada (FR) o no (FNR) y [3] régimen de medicación utilizado (clases y combinaciones). Estadística realizada por chi cuadrado y Fischer. Resultados: Del total de 375 mujeres, 274 presentaron ansiedad. De ellos, 170 estaban en el grupo IFR; 141 en el grupo EI/EII y 29 mujeres en el grupo EIII/EIV. En cuanto al grupo IFNR, hubo n=104 mujeres, siendo sólo 1 en EI/EII y 103 en EIII/EIV. Los casos de FNR están más presentes en EIII/EIV, con un 90% de los casos (IC 95%, p<0,05). El régimen terapéutico más común fue el de AINE en monoterapia, con un 65% (IC 95%, p<0,05) en estadio inadecuado. Se observó una correlación positiva entre la FNR y la ansiedad, especialmente cuando se utilizaba monoterapia con AINE (IC del 95%, p<0,05). Conclusión: Las dificultades para acceder a especialistas para el diagnóstico y a los medicamentos EIII/EIV pueden ser las causas, que serán investigadas en futuros estudios.

Mulheres com síndrome do ovário policísticos que desenvolveram diabetes melitus 2 antes dos 35 anos: ansiedade, má qualidade do sono e não controle glicêmico / Women with polycystic ovarian syndrome who developed diabetes mellitus 2 before the age of 35: anxiety, poor sleep quality and lack of glycemic control / Mujeres con síndrome de ovario poliquístico que desarrollaron diabetes melitus 2 antes de los 35 años: ansiedad, mala calidad del sueño y sin control glucémico

Introdução: A síndrome dos ovários policísticos (SOP) consiste em uma desordem de origem endocrinológica de grande prevalência nas mulheres em idade fértil, sendo acometidas por ela aproximadamente de 6 a 16% da população feminina - em consonância com diversos critérios diagnósticos 1-4. Essa síndrome é associada ao hiperandrogenismo e à resistência insulínica (RI), com manifestações clínicas relacionadas a alterações reprodutivas 4, desenvolvimento de diabetes mellitus (DM2) e obesidade. Esta pesquisa objetiva compreender o perfil das mulheres com DM 2 antes dos 35 anos e os fatores que podem levar a esta condição. Metodologia: Este estudo se deu por meio de inquérito on-line feito a mulheres diagnosticadas com SOP, e com menos de 35 anos de idade. Foi desenvolvido de maneira virtualizada via plataforma GoogleForms® em função da pandemia do COVID-19. Tratou-se de um levantamento sobre presença de fatores de risco para DM 2, como sobrepeso e alimentação, sedentarismo e qualidade do sono; em grupos de mulheres com SOP diabéticas e não diabéticas, para efeito de comparação. Resultados e discussão: Um total de 198 mulheres responderam ao questionário, sendo divididas em Diabéticas (DM) e não diabéticas (NDM). O grupo DM foi o que mais apresentou IMC elevado (acima de 30), e o que mais se declarou seguir orientações nutricionais. Atividade física não diferenciou entre os grupos. O grupo DM foi o que declarou dormir mais tarde (pós 23:00) quando comparado com o grupo NDM. O sobrepeso indica ser um fator importante para o advento da DM 2 neste grupo, sendo as orientações nutricionais não tão efetivas, devido muito a dificuldade de aderir às orientações. O hábito de dormir tarde implica em alterações que levam a aumento da RI via estresse oxidativo, contribuindo para obesidade e DM 2. Conclusões: A obesidade é um fator decisivo para a precocidade da DM 2 em mulheres com SOP, e sua condição é multifatorial, associada a seguimento de orientações nutricionais, atividade física e qualidade do sono. O evitar da precocidade da DM 2 neste grupo passa por esta compreensão.

Introduction: Polycystic ovary syndrome (PCOS) is an endocrinological disorder with high prevalence in women of childbearing age, affected by approximately 6 to 16% of the female population - in line with several diagnostic criteria 1-4. This syndrome is associated with hyperandrogenism and insulin resistance (IR), with clinical manifestations related to reproductive changes 4, development of diabetes mellitus (DM2) and obesity. This research aims to understand the profile of women with DM 2 before the age of 35 and the factors that can lead to this condition. Methodology: This study was carried out through an online survey made to women diagnosed with PCOS, and under 35 years of age. It was developed in a virtualized way via the GoogleForms® platform due to the COVID-19 pandemic. This was a survey on the presence of risk factors for DM 2, such as overweight and diet, sedentary lifestyle and sleep quality; in groups of women with diabetic and non-diabetic PCOS for comparison purposes. Results and discussion: A total of 198 women answered the questionnaire, divided into Diabetic (DM) and non-diabetic (NDM). The DM group was the one with the highest BMI (above 30), and the one that most declared to follow nutritional guidelines. Physical activity did not differ between groups. The DM group was the one who reported sleeping later (after 11 pm) when compared to the NDM group. Overweight is an important factor for the advent of DM 2 in this group, and nutritional guidelines are not so effective, due to the difficulty in adhering to the guidelines. The habit of sleeping late implies changes that lead to increased IR via oxidative stress, contributing to obesity and DM 2. Conclusions: Obesity is a decisive factor for the precocity of DM 2 in women with PCOS, and its condition is multifactorial, associated with following nutritional guidelines, physical activity and sleep quality. Avoiding the precocity of DM 2 in this group involves this understanding.

Introducción: El síndrome de ovario poliquístico (SOP) es un trastorno de origen endocrinológico de alta prevalencia en mujeres en edad fértil, afectando aproximadamente entre el 6 y el 16% de la población femenina, de acuerdo con diversos criterios diagnósticos 1- 4 . Este síndrome se asocia con hiperandrogenismo y resistencia a la insulina (RI), con manifestaciones clínicas relacionadas con cambios reproductivos 4, desarrollo de diabetes mellitus (DM2) y obesidad. Esta investigación tiene como objetivo conocer el perfil de las mujeres con DM 2 antes de los 35 años y los factores que pueden conducir a esta condición. Metodología: Este estudio se realizó a través de una encuesta online realizada entre mujeres diagnosticadas con SOP y menores de 35 años. Fue desarrollado de manera virtualizada a través de la plataforma GoogleForms® debido a la pandemia de COVID-19. Se realizó una encuesta sobre la presencia de factores de riesgo para DM 2, como sobrepeso y alimentación, sedentarismo y calidad del sueño; en grupos de mujeres diabéticas y no diabéticas con síndrome de ovario poliquístico, con fines de comparación. Resultados y discusión: Respondieron al cuestionario un total de 198 mujeres, divididas en diabéticas (DM) y no diabéticas (NDM). El grupo DM fue el que presentó un IMC más elevado (superior a 30), y el que más declaró seguir las pautas nutricionales. La actividad física no difirió entre los grupos. El grupo DM fue el que reportó dormir más tarde (después de las 11:00 pm) en comparación con el grupo NDM. El sobrepeso indica que es un factor importante en la aparición de DM 2 en este grupo, siendo las pautas nutricionales no tan efectivas, en gran parte por la dificultad para cumplirlas. El hábito de dormir tarde implica cambios que conducen a un aumento de la RI vía estrés oxidativo, contribuyendo a la obesidad y la DM 2. Conclusiones: La obesidad es un factor decisivo en la aparición temprana de la DM 2 en mujeres con SOP, y su condición es multifactorial, asociado con el seguimiento de pautas nutricionales, actividad física y calidad del sueño. Evitar la precocidad de la DM 2 en este grupo requiere esta comprensión.

Bilateral interstitial keratitis in a patient with presumed brain tuberculoma / Ceratite intersticial bilateral em um paciente com tuberculoma cerebral presumido

ABSTRACT Interstitial keratitis is an inflammation of the corneal stroma without epithelium or endothelium involvement. The underlying causes are mostly infectious or immune mediated. Brazil has one of the highest incidence rates of tuberculosis in the world. Tuberculosis is considered one of the causes of interstitial keratitis. Malnutrition and anemia are risk factors of the disseminated disease. This is a case report of a 10-year-old child who presented with decreased visual acuity and a clinical diagnosis of bilateral interstitial keratitis and sclero-uveitis. The patient had been treated with topical steroids with partial improvement. Examinations revealed severe iron deficiency anemia, negative serologies for human immunodeficiency virus and syphilis, positivity for cytomegalovirus- and herpes simplex-specific IgG, and purified protein derivative of 17 mm. During the follow-up, the patient presented with tonic-clonic seizures, and magnetic resonance imaging findings suggested a central nervous system tuberculoma. Interstitial keratitis improvement was observed after specific tuberculosis treatment. This is the first case report describing the association of interstitial keratitis and central nervous system tuberculoma.

RESUMO A ceratite intersticial é uma inflamação do estroma corneano sem envolvimento epitelial ou endotelial causada principalmente por doenças infecciosas e imunomediadas. O Brasil tem altas taxas de tuberculose que deve ser lembrada como causa de ceratite intersticial. Desnutrição e anemia são fatores de risco da forma disseminada da tuberculose. Este é um relato de uma criança de 10 anos com redução de acuidade visual e diagnóstico clínico de ceratite intersticial bilateral e esclerouveíte. O paciente obteve melhora parcial da ceratite com corticoide tópico. Exames laboratoriais mostraram anemia ferropriva grave, sorologias negativas para HIV e sífilis; IgM negativo e IgG positivo para citomegalovírus e herpes simplex e PPD positivo (17 mm). Ele evoluiu com crises tônico-clônicas e a ressonância nuclear magnética revelou tuberculoma do sistema nervoso central. A melhora da ceratite intersticial foi observada após tratamento para tuberculose. Este é o primeiro caso que descreve a associação de ceratite intersticial e tuberculoma do sistema nervoso central.

Quadros de ansiedade durante a pandemia: impactos no controle da diabetes mellitus 2 em mulheres jovens com sop e necessidade de revisão no manejo de atuação e inclusão de serviços de psicologia / Anxiety system during the pandemic: impacts on the control of diabetes mellitus 2 in young women with pcos and the need for review in action management and inclusion of psychology services / Sistema de ansiedad durante la pandemia: impactos en el control de la diabetes mellitus 2 en mujeres jóvenes con sop y la necesidad de revisión en la acción gestión e inclusión de los servicios de psicología

O Diabetes mellitus (DM) é uma doença crônica que apresentou um crescente aumento em sua prevalência, principalmente de DM II em mulheres com Síndrome do Ovário Policístico (SOP). Dentro deste parâmetro, o estudo verificou não só fatores de risco modificáveis ­ sobrepeso e sedentarismo, mas também fatores como a ansiedade, identificada principalmente durante a pandemia, a qual resultou em efeitos sobre a saúde mental dessas mulheres. Sendo assim, o objetivo do estudo é conhecer a influência da ansiedade no tratamento da DM II em jovens com SOP, durante a pandemia. A metodologia foi realizada em modelo de estudo observacional entre o período de junho de 2020 a outubro de 2021, via prontuários do INOVA-Secretaria Municipal de Joinville, onde foram qualificadas mulheres da Atenção Primária do Município de Joinville-SC portadoras de DM II e com idade igual ou inferior a 30 anos. Um total de 44 mulheres atendendo aos requisitos iniciais de inclusão. Como resultado, verificou-se a influência do Índice de Massa Corporal (IMC) sobre a glicemia pela mediada, tendo-se dois grupos (IMC>30 e IMC<30), sem se constatar diferença significativa. Entretanto, nas análises dos Grupos Ansiedade (GAN) e Não Ansiedade (GNAN), observou-se que o GAN concentra as participantes com glicemias mais elevadas. Portanto, conclui-se que, a ansiedade afeta condições que interferem no controle glicêmico (sistema endócrino, manejo comportamental), se tratando de uma condição a ser mais bem manejada na DM2, o que abre discussão para a reorganização da atenção à saúde mental na atenção primária à saúde nos pós pandemia.

Diabetes mellitus (DM) is a chronic disease that has shown an increasing increase in its prevalence, especially DM II in women with Polycystic Ovary Syndrome (PCOS). Within this parameter, the study verified not only modifiable risk factors ­ overweight and sedentary lifestyle, but also factors such as anxiety, identified mainly during the pandemic, which resulted in effects on the mental health of these women. Therefore, the objective of the study is to understand the influence of anxiety on the treatment of DM II in young people with PCOS, during the pandemic. The methodology was carried out in an observational study model between the period from June 2020 to October 2021, via medical records from INOVA-Joinville Municipal Secretariat, where women from Primary Care in the Municipality of Joinville-SC who had DM II and with aged 30 years or less. A total of 44 women met the initial inclusion requirements. As a result, the influence of the Body Mass Index (BMI) on glycemia was verified through mediation, with two groups (BMI>30 and BMI<30), without finding a significant difference. However, in the analyzes of the Anxiety (GAN) and Non-Anxiety (GNAN) Groups, it was observed that the GAN concentrates participants with higher blood glucose levels. Therefore, it is concluded that anxiety affects conditions that interfere with glycemic control (endocrine system, behavioral management), being a condition to be better managed in DM2, which opens discussion for the reorganization of mental health care in primary health care in the post-pandemic period.

La diabetes mellitus (DM) es una enfermedad crónica que ha mostrado un aumento creciente en su prevalencia, especialmente la DM II en mujeres con Síndrome de Ovario Poliquístico (SOP). Dentro de ese parámetro, el estudio verificó no sólo factores de riesgo modificables ­sobrepeso y sedentarismo­, sino también factores como la ansiedad, identificados principalmente durante la pandemia, que resultaron en efectos sobre la salud mental de estas mujeres. Por tanto, el objetivo del estudio es comprender la influencia de la ansiedad en el tratamiento de la DM II en jóvenes con SOP, durante la pandemia. La metodología se realizó en un modelo de estudio observacional entre el período de junio de 2020 a octubre de 2021, a través de historias clínicas de INOVA- Secretaría Municipal de Joinville, donde participaron mujeres de Atención Primaria del Municipio de Joinville-SC que tenían DM II y con 30 años. años o menos. Un total de 44 mujeres cumplieron con los requisitos de inclusión inicial. Como resultado, se verificó mediante mediación la influencia del Índice de Masa Corporal (IMC) sobre la glucemia, con dos grupos (IMC>30 e IMC<30), sin encontrar diferencia significativa. Sin embargo, en los análisis de los Grupos de Ansiedad (GAN) y No Ansiedad (GNAN), se observó que el GAN concentra a los participantes con niveles más altos de glucosa en sangre. Por lo tanto, se concluye que la ansiedad afecta condiciones que interfieren en el control glucémico (sistema endocrino, manejo conductual), siendo una condición a ser mejor manejada en la DM2, lo que abre discusión para la reorganización de la atención a la salud mental en la atención primaria de salud en el pos- período pandémico.

Epidemiological profile and visual outcome of ocular trauma in a referral center in northeastern Brazil / Perfil epidemiológico e prognóstico visual do trauma ocular em um centro de referência da região nordeste do Brasil

Abstract Objectives: To evaluate the epidemiological profile and prognosis of patients with mechanical ocular trauma. Methods: Descriptive cross-sectional observational study of consecutive patients evaluated during a one-year period at a public referral center in São Luis, Maranhão, Brazil. The Ocular Trauma Score (OTS) was used to estimate final visual acuity. The variables were analyzed using the chi-square test with a significance level of 5%. Results: Out of a total of 154 patients (mean age of 30.1 years), 27.92% were younger than 16 years, and 81.8% were men, with most coming from the state's countryside (55.2%). Most of the patients were dependents (34%) or rural workers (19%). Regarding the OTS prognosis, 33.77% of the patients were category 5 and 31.16% category 1 or 2, indicating worse prognosis. The best prognoses (visual outcomes) were inversely proportional to age and time to treatment (p<0.001). Conclusion: Ocular trauma remains an important cause of ocular morbidity in childhood and in informal work. Adult supervision and socio-educational measures are mandatory to change this scenario.

Resumo Objetivos: Avaliar o perfil epidemiológico e o prognóstico visual de pacientes com trauma ocular mecânico. Métodos: Estudo observacional transversal descritivo de pacientes consecutivos atendidos durante o período de um ano em um centro de referência público em São Luís, Maranhão. O Ocular Trauma Score foi aplicado a fim de estimar a acuidade visual final. As variáveis foram analisadas por meio do teste de Qui-quadrado com nível de significância de 5%. Resultados: Encontrou-se 154 pacientes tratados, a média de idade foi 30,1 anos, 27,92% menores que 16 anos, homens (81,8%) e do interior do Estado (55,2%). A maioria eram dependentes (34%), dos trabalhadores ocorreu o predomínio do trabalhador rural (19%). Quanto ao prognóstico, 33,77% dos pacientes apresentavam-se na categoria 5 e 31,16% na 1 ou 2, de pior prognóstico. Os melhores prognósticos foram inversamente proporcionais a idade e ao tempo até o atendimento (p<0,001). Conclusão: O trauma ocular se mantém como importante causa de morbidade ocular na infância e no trabalho informal. A supervisão de adultos e medidas socioeducativas são fundamentais para mudar esse cenário.

Whole-genome sequencing of Leptospira interrogans from southern Brazil: genetic features of a highly virulent strain

BACKGROUND Leptospirosis is the most widespread zoonotic disease. It is caused by infection with pathogenic Leptospira species, of which over 300 serovars have been described. The accurate identification of the causative Leptospira spp. is required to ascertain the pathogenic status of the local isolates. OBJECTIVES This study aimed to obtain the complete genome sequence of a virulent Leptospira interrogans strain isolated from southern Brazil and to describe its genetic features. METHODS The whole genome was sequenced by next-generation sequencing (Ion Torrent). The genome was assembled, scaffolded, annotated, and manually reviewed. Mutations were identified based on a variant calling analysis using the genome of L. interrogans strain Fiocruz L1-130 as a reference. FINDINGS The entire genome had an average GC content of 35%. The variant calling analysis identified 119 single nucleotide polymorphisms (SNPs), from which 30 led to a missense mutation. The structural analyses identified potential evidence of genomic inversions, translocations, and deletions in both the chromosomes. MAIN CONCLUSIONS The genome properties provide comprehensive information about the local isolates of Leptospira spp., and thereby, could facilitate the identification of new targets for the development of diagnostic kits and vaccines.

Genome of Leptospira borgpetersenii strain 4E, a highly virulent isolate obtained from Mus musculus in southern Brazil

A previous study by our group reported the isolation and characterisation of Leptospira borgpetersenii serogroup Ballum strain 4E. This strain is of particular interest because it is highly virulent in the hamster model. In this study, we performed whole-genome shotgun genome sequencing of the strain using the SOLiD sequencing platform. By assembling and analysing the new genome, we were able to identify novel features that have been previously overlooked in genome annotations of other strains belonging to the same species.

Approaches for in silico finishing of microbial genome sequences

Abstract The introduction of next-generation sequencing (NGS) had a significant effect on the availability of genomic information, leading to an increase in the number of sequenced genomes from a large spectrum of organisms. Unfortunately, due to the limitations implied by the short-read sequencing platforms, most of these newly sequenced genomes remained as "drafts", incomplete representations of the whole genetic content. The previous genome sequencing studies indicated that finishing a genome sequenced by NGS, even bacteria, may require additional sequencing to fill the gaps, making the entire process very expensive. As such, several in silico approaches have been developed to optimize the genome assemblies and facilitate the finishing process. The present review aims to explore some free (open source, in many cases) tools that are available to facilitate genome finishing.

Use of ELISA based on NcSRS2 of Neospora caninum expressed in Pichia pastoris for diagnosing neosporosis in sheep and dogs / Utilização de um ELISA baseado em NcSRS2 de Neospora caninum expressa em Pichia pastoris para diagnóstico de neosporose em ovinos e cães

Neosporosis is a disease caused by the protozoon Neospora caninum that leads to significant economic losses in many countries. In the present study, we report on use of the recombinant protein NcSRS2 of N. caninum expressed in Pichia pastoris in an indirect immunoenzymatic assay (ELISA) for diagnosing neosporosis infection in sheep and dogs. We observed that the ELISA test yielded specificity of 94.5% and sensitivity of 100% for sheep and specificity of 93.3% and sensitivity of 100% for dogs. We observed that the sensitivity was higher than shown by the indirect fluorescent antibody test, and this was confirmed by means of Western blot. The results from this study suggest that the recombinant protein expressed in P. pastoris is a suitable antigen for use in immunodiagnosis to detect N. caninum in two important species exposed to this parasitosis.

A neosporose é uma doença causada pelo protozoário Neospora caninum que leva a perdas econômicas importantes em muitos países. No presente estudo, é descrita a utilização da proteína recombinante NcSRS2 de N. caninum expressa em Pichia pastoris em um ensaio imunoenzimático indireto (ELISA) para o diagnóstico de infecção por Neospora em ovelhas e cães. Observou-se, que utilizando-se um ELISA, o teste produziu uma especificidade de 94,5% e uma sensibilidade de 100% para ovinos; e uma especificidade de 93,3% e sensibilidade de 100% para cães. Uma maior sensibilidade foi observada em relação à IFI que foi confirmada por Western blot. Os resultados deste estudo sugerem que a proteína recombinante expressa em P. pastoris é bom antígeno para ser utilizado no diagnóstico imunológico para detectar N. caninum em duas espécies importantes expostas a esta parasitose.

Expressão heteróloga da EMA-2 (equi merozoite antigen) de Theileria equi em Pichia pastoris com potencial utilização em imunobiológicos / Heterologous expression of EMA-2 (equi merozoite antigen) of Theileria equi in Pichia pastoris with potential use in immunobiologics

A piroplasmose equina causada por Theileria equi acomete os equinos de forma endêmica no Brasil e em diversos outros países tropicais e subtropicais. Considerada uma das mais importantes doenças de equinos, causa danos à saúde animal e perdas econômicas. A proteína equi merozoite antigen (EMA-2) é uma das principais proteínas de superfície, expressa nos diversos estágios do ciclo do parasita, estimula resposta imune em animais infectados, tornando-se um possível candidato para utilização em diagnóstico. O gene EMA-2 foi clonado e expresso na levedura Pichia pastoris. A proteína EMA-2 recombinante (rEMA-2) foi caracterizada antigenicamente por Western Blot e por ELISA indireto, utilizando-se soro de equino positivo para theileriose. O resultado do ELISA demonstrou uma especificidade de 90,9% e sensibilidade de 83,3%, quando comparado ao padrão, sendo superior à imunofluorescência (80,6% de especificidade e 75,0% de sensibilidade), o que sugere que a rEMA-2 expressa em P. pastoris é um promissor antígeno para ser utilizado como ferramenta no imunodiagnóstico de theileriose equina.

Theileria equi, the causative agent of equine piroplasmosis, is endemic in Brazil and many other tropical and subtropical countries. It is considered one of the most important diseases of horses causing animal health problems and significant economic loss. The Protein equi merozoite antigen-2 (EMA-2) is a major surface protein that is expressed in different parasite cycle stages and induces immune response in infected animals, being a possible candidate to be used in diagnose. EMA-2 gene was cloned and expressed in the yeast Pichia pastoris, and the recombinant protein EMA-2 (rEMA-2) was characterized by Western Blot and indirect ELISA using equine positive sera. The ELISA results demonstrated a specificity of 90.9% and a sensitivity of 83.3% compared to the standard ELISA and being superior to immunofluorescence (80.6% of specificity and 75.0% of sensitivity) suggesting that the rEMA-2 expressed in P. pastoris is a promising antigen to be used as a tool in immunodiagnostic of theileriasis.

Falsas Memórias e o Paradigma DRM: Uma Abordagem por Meio de Fotos Emocionais Associadas / False Memories and the DRM Paradigm: An Approach Using Emotional Associated Pictures

O estudo das falsas memórias tem sido beneficiado pelo uso do paradigma DRM (Deese-Roediger-McDermott), no qual listas de palavras associadas induzem à falsa lembrança de itens não apresentados previamente. Para demonstrar a eficácia de uma categoria alternativa de estímulos, investigou-se a influência da emoção nas falsas memórias por meio de conjuntos de fotografias temática e emocionalmente associadas, extraídas do IAPS (International Affective Picture System). Foram verificados índices de falsas memórias comparáveis àqueles observados em estudos que utilizaram estímulos verbais ou estímulos visuais simples. Conjuntos negativos eliciaram maiores índices de memórias verdadeiras e de falsas memórias do que conjuntos positivos. Sugere-se que resultados tipicamente observados com o DRM podem ser obtidos por meio de conjuntos de fotografias, estímulos mais complexos e ecológicos do que palavras.

The study of false memories has been favored by the DRM paradigm (Deese-Roediger-McDermott), where lists of associated words induce subjects to falsely remember items not previously presented. To demonstrate the efficacy of an alternative category of stimuli, we investigated the influence of emotion on false memories by means of sets of thematic, emotionally associated photos proceeding from the IAPS (International Affective Picture System). False memory levels were similar to those reported in studies with verbal stimuli or simple visual stimuli. Negative sets elicited higher levels of both true and false memories, in a comparison with positive sets. It is suggested that results typically observed in the DRM can be obtained by using sets of photos, which are more complex and ecological stimuli than words.

Bovine immunoprotection against Rhipicephalus (Boophilus) microplus with recombinant Bm86-Campo Grande antigen / Imunoproteção de bovinos contra Rhipicephalus (Boophilus) microplus com antígeno recombinante Bm86-Campo Grande

The southern cattle fever tick, Rhipicephalus (Boophilus) microplus, is no doubt the most economically important ectoparasite of cattle globally. The inappropriate use of chemical acaricides has driven the evolution of resistance in populations of R. (B.) microplus. Anti-tick vaccines represent a technology that can be combined with acaricides in integrated control programs to mitigate the impact of R. (B.) microplus. The recombinant form of Bm86 antigen from the Campo Grande (rBm86-CG) strain of R. (B.) microplus was produced using the Pichiapastoris expression system to test its ability to immunoprotect cattle against tick infestation. Secretion of rBm86-CG by P. pastoris through the bioprocess reported here simplified purification of the antigen. A specific humoral immune response was detected by ELISA in vaccinated cattle. Immunoblot results revealed that polyclonal antibodies from vaccinated cattle recognized a protein in larval extracts with a molecular weight corresponding to Bm86. The rBm86-CG antigen showed 31% efficacy against the Campo Grande strain of R. (B.) microplus infesting vaccinated cattle. The rBm86-CG is an antigen that could be used in a polyvalent vaccine as part of an integrated program for the control of R. (B.) microplus in the region that includes Mato Grosso do Sul.

O carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus é, sem dúvidas, o ectoparasito economicamente mais importante para o gado a nível mundial. A utilização inadequada de acaricidas tem impulsionado a evolução da resistência em populações de R. (B.) microplus. Vacinas contra o carrapato representam uma tecnologia que pode ser combinada com acaricidas em programas de controle integrado para diminuir o impacto de R. (B.) microplus. A forma recombinante da Bm86 da cepa Campo Grande (rBm86-CG) de R. (B.) microplus foi produzido utilizando o sistema de expressão em Pichia pastoris para testar sua capacidade de imunoproteção ao gado contra a infestação de carrapatos. A secreção de rBm86-CG em P. pastoris pelo bioprocesso, simplificou a purificação do antígeno. A resposta imune humoral específica foi detectada por ELISA em soros de bovinos vacinados. Resultados de "imunoblot" revelaram que anticorpos policlonais de bovinos vacinados reconheceram uma proteína em extratos de larvas com um peso molecular correspondente à Bm86. O antígeno rBm86-CG mostrou eficácia de 31% contra a amostra CG de R. (B.) microplus utilizada para infestar os bovinos vacinados. Pelos resultados obtidos, concluímos que a rBm86-CG é um antígeno que pode ser usado em uma vacina polivalente, como parte de um programa integrado para o controle de R. (B.) microplus no estado do Mato Grosso do Sul, Brasil.

Indução de resistência em arroz contra Bipolaris oryzae Breda de Hann, através da expressão constitutiva de um gene de quitinase / Induction of resistance in rice against Bipolaris oryzae Breda de Hann by constitutive expression of achitinase gene

Este trabalho objetivou a transformação genética da cultivar de arroz BRS Taim, para obtenção de resistência ao fungo Bipolaris oryzae, agente da mancha parda. Para a transformação das plantas foi utilizada a cepa LBA 4404 de Agrobacterium tumefaciens transformada com o plasmídeo pMOG 22 que codifica o gene da quitinase do fungo entomopatogênico Metarhizium anisopliae. Mesocótilos de arroz foram imersos por 30 min. em solução bacteriana (OD600 = 0,7), contendo acetoceringona (100 Mm). Após os explantes foram co-cultivados por 72 horas em meio MS sem hormônio. Para seleção dos transformantes foi utilizado meio MS com 5 mg L-1 de BAP e 15 mg L-1 de higromicina, incubados a 25±1°C, fotoperíodo de 16 horas e densidade de fluxo de fótons de 42 µmol m-2 s-1. Foram obtidas 5 plantas transformadas, perfazendo uma média de eficiência de transformação de 1,53 %. A resistência das plantas foi observada somente por um dos isolados. Os resultados permitem concluir que as plantas de arroz transformadas com o gene da quitinase(Chit 1)podem reduzir o desenvolvimento do fungo B. oryzae, porém existe uma diferença na reação entre isolados.

This study aimed at a rice transformation for resistance to Bipolaris oryzae causal organism of Brown Spot, the cultivar BRS Taim and the line LBA 4404 of Agrobacterium tumefaciens transformed with plasmid pMOG 22 that codifies the chitinasegene Metarhizium anisopliae was used. Rice mesocotils immersed for 30 min in bacterial solution of OD600 = 0,7 with acetoceringone (100Mm), were co-cultivated for 72 hours in MS medium free of hormones and with 100Mm of acetoceringone. Mesocotils were then transferred to MS with 5mg L-1 de BAP and15 mg L-1 of higromicin for 45 days at 25°C and 16 ligth hours. The five transformed plants obtained (1,53 transformation rate) were inoculated with two B. oryzae isolates.Resistance was observed only with one of the isolates. The results indicate that rice plants transformed with chitinase gene (Chit 1)can reduce the colonization by some isolates of B. oryzae.

Construção de conjuntos de imagens emocionais associadas a partir do International Affective Picture System / Creation of sets of associated emotionally-evocative pictures using the International Affective Picture System

INTRODUÇÃO: A forma como estímulos emocionais são processados e se relacionam com a cognição possui diversas implicações no campo da saúde mental. Há, portanto, a necessidade de instrumentos efetivos que viabilizem a mensuração da emoção. OBJETIVOS: Criar, a partir do International Affective Picture System (IAPS), 20 conjuntos de fotos associadas temática, visual e emocionalmente, e eleger a foto mais representativa de seu respectivo conjunto; investigar a correlação entre os fatores de associação (emocional, temática e visual); e verificar a correlação de emocionalidade dos 20 conjuntos com os dados da versão brasileira do IAPS. MÉTODO: Um total de 353 participantes avaliaram e julgaram o quão associadas entre si eram as fotos de cada conjunto e qual era a foto mais representativa de cada conjunto. RESULTADOS: Dezoito dos 20 conjuntos demonstraram alta associação nos três fatores investigados. Em todos os conjuntos, foram obtidas hierarquias de representatividade. Houve significativa correlação positiva entre os fatores de associação temática e visual (coeficiente de correlação de Spearman, rho = 0,820; p < 0,01). Observou-se correlação significativa tanto dos escores de valência (rho = 0,958) quanto dos escores de alerta (rho = 0,836; p < 0,01) para com os dados da versão brasileira nos 20 conjuntos. CONCLUSÕES: O material desenvolvido propicia a neurocientistas a possibilidade de manipulação e controle de variáveis relacionadas ao processamento emocional, e também pode contribuir para investigações com enfoque psiquiátrico.

INTRODUCTION: The way in which emotional stimuli are processed and relate with cognition has many implications in the mental health field. As a result, there is a need for effective instruments that allow measuring emotion. OBJECTIVES: To create 20 sets of thematically, visually, and emotionally associated pictures using the International Affective Picture System (IAPS), and to select the most representative picture in each set; to investigate the correlation between associative factors (emotional, thematic, and visual); and to assess the emotional correlation between the 20 sets and Brazilian normative data. METHODS: A total of 353 participants evaluated the sets and defined to what degree the pictures in each set were associated with one another, and also which picture was the most representative of each set. RESULTS: Eighteen of the 20 sets presented high association results in the three factors assessed. Hierarchical representations were obtained for the 20 sets. There was a significant positive correlation between thematic and visual association (rho = 0.820; p < 0.01). Both valence (rho = 0.958) and arousal (rho = 0.836; p < 0.01) were significantly correlated with Brazilian norms in all 20 sets. CONCLUSIONS: The sets of associated pictures created and herein described may be useful to neuroscientists, due to the possibility of manipulating and controlling variables related to emotional processing, and may also contribute to investigations with a psychiatric focus.

Green turtles (Chelonia mydas) foraging at Arvoredo Island in Southern Brazil: genetic characterization and mixed stock analysis through mtDNA control region haplotypes

We analyzed mtDNA control region sequences of green turtles (Chelonia mydas) from Arvoredo Island, a foraging ground in southern Brazil, and identified eight haplotypes. Of these, CM-A8 (64 percent) and CM-A5 (22 percent) were dominant, the remainder presenting low frequencies (< 5 percent). Haplotype (h) and nucleotide (n) diversities were 0.5570 ± 0.0697 and 0.0021 ± 0.0016, respectively. Exact tests of differentiation and AMOVA Fi ST pairwise values between the study area and eight other Atlantic foraging grounds revealed significant differences in most areas, except Ubatuba and Rocas/Noronha, in Brazil (p > 0.05). Mixed Stock Analysis, incorporating eleven Atlantic and one Mediterranean rookery as possible sources of individuals, indicated Ascension and Aves islands as the main contributing stocks to the Arvoredo aggregation (68.01 percent and 22.96 percent, respectively). These results demonstrate the extensive relationships between Arvoredo Island and other Atlantic foraging and breeding areas. Such an understanding provides a framework for establishing adequate management and conservation strategies for this endangered species.

Atenção farmacêutica no contexto da estratégia de saúde da família / Pharmaceutical care in the context of the family health strategy

A assistência farmacêutica, no âmbito do Sistema Único de Saúde (SUS), é muitas vezes realizada com o objetivo primordial de garantir o abastecimento dos medicamentos nas Unidades Locais de Saúde. Freqüentemente, os cuidados com os pacientes e a promoção do uso racional dos medicamentos são marginalizados. Contudo, durante o desenvolvimento do seguimento farmacoterapêutico, são identificados problemas relacionados aos medicamentos (PRM) e dificuldades na adesão ao tratamento farmacológico, os quais estão relacionados a questões familiares e sociais, e têm contribuído para o não-sucesso terapêutico, portanto pontos-chave a serem considerados durante a Atenção Farmacêutica. Foi realizado o seguimento farmacoterapêutico de quatro pacientes atendidos em uma unidade de saúde do município de Florianópolis. Para a resolução dos PRMs, adotou-se abordagem que inclui os contextos familiar e social e, que utiliza ferramentas como o genograma e o ecomapa, além do trabalho interdisciplinar. Observou-se a importância da família e dos grupos de apoio para a resolução dos PRMs e a necessidade do farmacêutico de aprimorar a prática de atenção farmacêutica mediante a utilização de tais ferramentas. Percebeu-se, ainda, a importância das visitas domiciliares para conhecer melhor o ambiente familiar e a necessidade de trabalho interdisciplinar para melhorar a qualidade do atendimento.

The main objective of pharmaceutical policy management within the scope of SUS (Brazilian National Health System) is to guarantee the supply of drugs to local health centers, therefore displacing patient care When drug-related problems (DRP) and difficulties in adhering to the prescribed treatment are identified during the development of pharmaceutical follow-up, family and social issues have been shown to be reasons for unsuccessful treatment. They are key points to be considered during Pharmaceutical Care. The methodology chosen for this study was the pharmaceutical care of four patients monitored in a Health Unit in the city of Florianópolis. To solve drug related problems an approach was adopted that included family and social contexts using tools such as genogramming, ecomapping and interdisciplinary work. Family and support groups were shown to be important in addressing DRPs and there appears to be a need for the pharmacist to improve Pharmaceutical Care Practice by using these tools. The importance of home visits to gain a better understanding of the family environment was also observed, as well as the necessity of interdisciplinary work to improve the quality of care.

Porcine pericardium as glaucoma implant tube coverage: an experimental study / Uso de pericárdio suíno no recobrimento de implantes de drenagem de glaucoma: um estudo experimental

PURPOSE: To evaluate the inflammatory response associated with the use of processed porcine pericardium and glycerin-preserved homologous sclera as silicone glaucoma drainage device coverage in a rabbit experimental model. METHODS: Eight New Zealand white rabbits' eyes received an equal-sized glycerin-preserved homologous scleral patch or a double-layered processed porcine pericardium that was sutured to the bare sclera covering a silicone tube. Conjunctival hyperemia was graded using the double-blind method during the immediate postoperative period and during the first, third, and seventh postoperative weeks. After the seventh week, the enucleated eyes were histopathologically examined. They were also evaluated for signs of patch graft melting, tube erosion and chemosis. RESULTS: There was no occurrence of graft melting or tube exposure, although porcine pericardium was associated with greater inflammation through clinical observation. Light microscopy revealed marked inflammation surrounding the porcine pericardium with foreign body granuloma formation. On the other hand, the sclera group presented milder inflammation with foreign body granulomas only around the sutures. CONCLUSIONS: Porcine pericardium is associated with significant inflammation when used as tube coverage in a rabbit model, at both histopathologic and clinical levels, when compared to glycerin-preserved homologous sclera during the seven-week follow-up period.

OBJETIVO: Avaliar a resposta inflamatória associada com o uso de pericárdio suíno processado e esclera homóloga preservada em glicerina no recobrimento de tubo de drenagem de silicone utilizado em cirurgia de glaucoma em modelo experimental. MÉTODOS: Oito olhos de 8 coelhos albinos da raça Nova Zelândia receberam enxertos do mesmo tamanho de esclera homóloga, preservada em glicerina ou pericárdio suíno processado, suturados à esclera recobrindo um tubo de silicone. Os olhos foram avaliados quanto à hiperemia conjuntival de modo mascarado na primeira, terceira e sétima semanas de pós-operatório. Após a sétima semana os olhos foram enucleados e submetidos a estudo histopatológico. Os olhos também foram avaliados quanto à presença de afinamento do enxerto, exposição do tubo e quemose. RESULTADOS: Não ocorreram casos de afinamento do enxerto ou exposição do tubo, porém o pericárdio suíno esteve associado clinicamente a uma maior inflamação. Achados à microscopia óptica incluíram intensa reação inflamatória em torno do enxerto de pericárdio com formação de granuloma do tipo corpo estranho. Por outro lado, no grupo que recebeu esclera, ocorreu formação de granulomas apenas em torno dos fios de sutura. CONCLUSÃO: O pericárdio suíno esteve associado a maior inflamação tanto à histopatologia quanto clinicamente, quando usado no recobrimento de tubo de silicone, em comparação à esclera homóloga preservada em glicerina, durante o período de acompanhamento de sete semanas.

Purification and molecular cloning of a new galactose-specific lectin from Bauhinia variegata seeds.

A new galactose-specific lectin was purified from seeds of a Caesalpinoideae plant, Bauhinia variegata, by affinity chromatography on lactose-agarose. Protein extracts haemagglutinated rabbit and human erythrocytes (native and treated with proteolytic enzymes), showing preference for rabbit blood treated with papain and trypsin. Among various carbohydrates tested, the lectin was best inhibited by D-galactose and its derivatives, especially lactose. SDS-PAGE showed that the lectin, named BVL, has a pattern similar to other lectins isolated from the same genus, Bauhinia purpurea agglutinin (BPA). The molecular mass of BVL subunit is 32 871 Da, determined by MALDI-TOF spectrometry. DNA extracted from B.variegata young leaves and primers designed according to the B. purpurea lectin were used to generate specific fragments which were cloned and sequenced, revealing two distinct isoforms. The bvl gene sequence comprised an open reading frame of 876 base pairs which encodes a protein of 291 amino acids. The protein carried a putative signal peptide. The mature protein was predicted to have 263 amino acid residues and 28 963 Da in size.

Projeto político-pedagógico da Escola Médica / Political-pedagogical project of medical school

A tese sobre o Projeto Político-Pedagógico da Escola Médica é uma produção da Linha de Pesquisa sobre Informação e Educação em Saúde do Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas da Universidade do Estado do Rio de Janeiro (PGCM/UERJ), cuja proposta de multidisciplinaridade incentiva e apóia contribuições mútuas entre as áreas de Educação e Saúde. Atendendo, também, à proposta do Programa, esta pesquisa gerou dois artigos, um publicado na Revista Brasileira de Educação Médica (Qualis A) e outro aceito para publicação pela Revista da FAEEBA - Educação e Contemporaneidade. Os artigos apresentam análises e resultados desta pesquisa, cujo objetivo foi reunir argumentos teóricos e conceituais sobre a importância do Projeto Político-Pedagógico no ensino superior, de modo geral, e na Escola Médica de modo particular. A metodologia incluiu procedimentos de pesquisa bibliográfica, ensaio teórico e análise de conteúdo aplicada a bibliografia e a respostas de alunos do PGCM/UERJ, através de um exercício, que possibilitou comparar as respostas antes e após a leitura do primeiro artigo gerado pela pesquisa. Nas considerações conclusivas, corroboradas pelos argumentos teóricos e conceituais reunidos pela pesquisa, destaca-se a importância do Projeto Político-Pedagógico da Escola Médica em suas funções integradora e atualizadora de princípios e ações que se realizam no presente e se projetam no futuro, de modo fundamentado, crítico e participativo.

This thesis about the Pedagogic Political Project of the Medical School is a production of the Research Line of Information and Education in Health of the Medical School at the University of the State of Rio de Janeiro (PGCM/UERJ), whose proposal of multidisciplinary, gives supports to a mutual contribution between the Education and Health areas. Attending to the proposal of the program, this research has generated two articles in the Brazilian Journal of Medical Education (Qualis A) and another accepted by the FAEEBA Journal - Education and Contemporarily. The articles present the analysis and results of this research, whose aim was to bring theoretical and conceptual arguments about the importance of the Pedagogic Political Project in Superior Education, in general, and in the Medical School, in particular. The methodology includes bibliographic review, theoretical essays and content analysis applied to the bibliography and to the PGCM/UERJ student's responses, by means of an exercise, which has allowed us to compare the answers before and after the reading of the first article generated by the research. The final considerations, corroborated by the theoretical and conceptual arguments collected by the research, highlighted the importance of the Pedagogic Political Project of the Medical School in its integrating and renewing functions of the principles and actions that are made in the present and which are projected to the future, in a grounded, critical and participative way.